Vào ngày Giáng Sinh năm 2016, Michael qua đời ở tuổi 53 trên giường tại tư gia ở Goring-on-Thames, Oxfordshire. Người phát hiện ông chết là người bạn tình của ông, Fadi Fawaz.[13]

Vào tháng 3 năm 2017, một nhân viên điều tra cấp cao ở Oxfordshire cho rằng cái chết của Michael là do bệnh cơ tim giãn với viêm cơ tim và gan nhiễm mỡ.[23][24][25][26]

Do sự chậm trễ trong việc xác định nguyên nhân cái chết, tang lễ của Michael đã được tổ chức vào ngày 29 tháng 3 năm 2017. Trong một buổi lễ riêng tư, ông được chôn cất tại Nghĩa trang Highgate ở phía bắc London, gần mộ của mẹ ông.[27] Mùa hè năm đó, một khu vườn tưởng niệm chính thức đã được tạo ra bên ngoài ngôi nhà cũ của ông ở Highgate. Địa điểm này, trong một quảng trường riêng mà Michael đã sở hữu, được người hâm mộ chăm sóc.[28]